Nhận thức được tầm quan trọng của việc phát triển công nghiệp bền vững trong đó có vấn đề bảo vệ môi trường đặc biệt là việc xử lý nước thải  từ các nhà máy trong quá trình hoạt động sản xuất. Nhà máy xử lý nước thải của KCN Bá Thiện II đã được đầu tư đồng bộ và được xây dựng bởi Tập đoàn KOASTAL là đơn vị hàng đầu trong lĩnh vực xây dựng nhà máy xử lý nước thải cho các KCN. Hệ thống xử lý nước thải đáp ứng xử lý nước thải tiêu chuẩn loại A (QCVN 40:2011/BTNMT), tổng công suất theo thiết kế là 10,000 m3/ngày. Hệ thống xử lý nước thải đã được đào tạo và chuyển giao toàn bộ cho KCN vận hành với tần suất hoạt động 24/7 tạo niềm tin tuyệt đối cho các đơn vị đang sản xuất trong KCN.